從色譜原理上分類，離子色譜是液相色譜的一種，但由于離子色譜與普通液相色譜在結構和分析對象上有一些差異，一般作為均獨立的一個色譜大類。離子色譜與液相色譜的差別主要從兩個方面看，即儀器結構和應用范圍。
　　
　　1)在儀器結構方面離子色譜和液相色譜均有溶劑輸送系統、進樣系統、檢測系統和信號記錄和處理系統，但由于離子色譜和液相色譜所用的流動相不同，檢測方式不同及信號處理的要求不同，在各部件上有一些差別。具體如下
　　
　　A、離子色譜一般采用酸、堿及鹽的水溶液作為流動相，因此通常離子色譜采用非金屬材料作為整個系統材料，一般采用Peek塑料作為泵體、流路和閥體等要求耐高壓的部分，而聚四氟乙烯材料作為檢測器，外接管路等，要求系統可以耐酸、耐堿，但一般情況下全塑的材料由于加工和強度方面的差異，耐壓強度和精度上比金屬材料要略低一些。而液相色譜由于一般采用有機溶劑作淋洗液，因此多數還是采用金屬泵體，可以耐任何類型的有機溶劑，但對于酸或堿的溶劑，使用易產生腐蝕現象。而隨著液相色譜在生物領域的廣泛應用，金屬對一些生物活性化合有一定的吸附作用，一些在生物方面應用液相色譜也廣泛采用了Peek材料作為泵體、流路和閥，使離子色譜和液相色譜具有了一定的通用性。
　　
　　B、前述已經提到離子色譜又分為抑制型和非抑制型，而目前被廣泛應用抑制型離子色譜，采用了抑制器，而普通液相色譜沒有類似裝置。抑制器的結構上與液相色譜的柱后衍生系統相似，但是抑制型離子色譜*組件之一。非抑制型離子色譜不用抑制器，與液相色譜十分相似，一些非抑制型離子色譜基本上就是采用液相色譜的泵、流路和進樣閥。
　　
　　C、離子色譜與液相色譜另一差異就是檢測器，一般情況下液相色譜采用紫外-可見光度檢測器；而離子色譜較通用的是電導檢測器。
　　
　　2)離子色譜與液相色譜另一差異在于分析對象，液相色譜作為分析儀器中較廣泛使用的一類儀器，在許多領域中被廣泛應用，但一般情況下，采用液相色譜時，要求被測物具有一定光度吸收，因此液相色譜一般可以用于有機化合物的分析。而離子色譜主要利用離子在水溶液中電離產生電導的特點，因此離子色譜主要用于無機離子的分析。當然，離子色譜和液相色譜的應用并不是的，目前離子色譜已經廣泛用于有機化合物的分析，而液相色譜也可以解決 無機離子的分析，兩種具有互補性。有 液相色譜無法解決分析難題，可以嘗試用離子色譜的方法解決。
　　
　　差異的一個方面：
　　
　　D色譜柱的差異。離子色譜由于淋洗液的關系，其色譜柱一般都為聚合物柱，以苯乙烯和二乙烯苯色譜柱為主，較高柱效約為30000，而常規的液相色譜柱，較常用的是硅膠基質的色譜柱，以反相為主，柱效一般在60000以上。
　　
　　E氣路
　　
　　離子色譜由于不同廠家的設計不一樣，有的儀器部分靠氣動，并用氣保護淋洗液穩定（NaOH體系），用氣量不大；而液相色譜中，只有ELSD和MS檢測器用到氣源，而且用氣量很大。
　　
　　F流動相（淋洗液）
　　
　　離子色譜一般采用強酸和強堿的水體系，pH可在0－14，并添加一些反相的有機溶劑，也用一些無機鹽類。而液相色譜多以有機相為主，pH大多在2－8.5之間，有機試劑種類多，流動相添加劑使用較靈活。
　　
　　差異的第二方面：
　　
　　從目前來看，液相色譜使用范圍和對象比離子色譜大的多，有機的非極性、極性及離子化合物都可以。而離子色譜目前主要用于無機離子的分析，及少量有機離子化合物的分析。隨著離子色譜技術的發展，二者分離對象的差異會縮小，離子色譜會發揮其應有的作用。